分子蒸馏厂家设备操作温度低，可大幅节约能源消耗，通常的蒸馏依靠材料混合物中不同物质的沸点差异分离，分子蒸馏依靠不同物质的分子运动平均自由程度差异分离，材料必须达到沸腾状态正因为分子蒸馏远离沸点进行操作，所以产品的能源消耗很小。分子蒸馏设备蒸馏压力低，要求在高真空度下操纵，分子运动平均自由程与系统压力成反比，只有加大真空度，才能获得足够大的平均自由程。研究指出，分子蒸馏的真空度高达0.1-100Pa。

分子蒸馏设备受热时间短，降低热敏性物质的热损伤。分子蒸馏是利用不同物质分子运动平均自由程度的差异来实现分离的，其基本要求是加热面与冷凝面的距离必须小于轻分子运动平均自由程度，这个距离通常很小，因此轻分子从液面逸出后几乎没有碰撞就射向冷凝面，因此加热时间极短。研究测定指出，分子蒸馏的加热时间只有几秒或几十秒，大大避免了物质的分解和聚合。分子蒸馏设备分离度和产品收益率高，特别适合特定蒸馏。分子蒸馏的相对挥发度大于传统蒸馏的相对挥发度，理论上证明了分子蒸馏比传统蒸馏容易实现物质分离。同时，分子蒸馏在不平衡的状态下操作及其设备的内部结构特征，分离效率远远高于通常的蒸馏，可以大幅度提高产品的收益率。

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